• Kurs-Nr.
    BS4781
  • Kursgebühr
    645 €
  • Quartal 2
    27.06. - 28.06.2019

PCR, Real Time PCR und Multiplex-PCR laufen nicht immer zufriedenstellend, sei es dass die Nachweisgrenze zu gering ist, Inhibitoren auftreten, Primer nicht miteinander funktionieren oder einfach Kosten- und Zeitaufwand optimiert werden sollten.
Im Grunde besteht eine PCR-Analyse aus drei Verfahren mit eigenen Qualitätskontrollen: Template-Präparation, das eigentliche PCR und die anschließende PCR-Analytik.
Zum Thema Template-Präparation geben wir einen Überblick über die Vor- und Nachteile verschiedener Verfahren von single cell-Präparationen, quick and dirty, über schwierige Proben, reverse Transcription (cDNA-Synthese) bis zu genomischen DNA-Amplifikations-Kits. Zur PCR-Optimierung werden verschiedene Temperatur-Zeit-Profile und Reagenzien behandelt. In der PCR-Analytik geht es um die Kosten- und Zeitoptimierung, d.h. mit welchem Verfahren bekomme ich am schnellsten und kostengünstigsten ein zuverlässiges Ergebnis.

Auszug aus dem Kursprogramm

Im theoretischen Teil werden u.a. folgende Themen behandelt:

  • Prinzip der PCR und Real Time PCR
  • Komplexität unterschiedlicher Templates: Arabidopsis bis Zika-Virus
  • Methoden der Template-Präparation im Überblick
  • Ausgewählte Methoden: single cell DNA-Präparation, Nahrungsmittel, cDNA-Synthesen,
  • genomische Amplifikation 
  • PCR: Temperatur-Zeit-Profile, Annealing-Temperatur, Magnesium und Primer-Titration
  • Multiplex-PCR: Puffer und Additive, Primer- und Sonden-Kontrolle, OD-Messung, in-silico
  • PCR, BLAST, Oligoanalyzer
  • PCR-Analytik: wir diskutieren und vergleichen verschiedene Verfahren zum Nachweis von
  • DNA-Fragmenten, zur Genotypisierung und zur Sequenzierung

Der Praxisteil umfasst:

  • Real Time PCR mit unterschiedlichen DNA-Präparationen: Probleme erkennen
  • Effizienz- und Inhibitions-Bestimmung
  • Titration der Primer für ein Multiplex
  • Optimierung mittels Magnesium und verschiedenen Annealing-Temperaturen
  • Design of Experiment: Taguchi gegen Kombinatorik

Zielgruppe

Technische und wissenschaftliche Mitarbeiter/-innen, die bereits über PCR-Erfahrungen verfügen.

Dozent

Dr. Johannes Becker-Follmann studierte Biologie und Philosophie in Saarbrücken und Freiburg. Er promovierte am Institut für Humangenetik und Anthropologie über “Vergleichende Genkartierungen bei Mensch und Maus“. Nach Forschungsaufenthalten in Osaka/Japan, Freiburg und Berlin gründete er im Frühjahr 2000 das Institut für Polymorphismus und Mutationsanalytik Deutschland in Homburg/Saar, das sich hauptsächlich mit der Analyse von DNA verschiedener Spezies beschäftigt. Seit 2002 führt er Schwerpunktseminare und Workshops zu PCR-Themen durch.