In diesem Kurs lernen Sie die theoretischen Grundlagen der PCR sowie die anschließende Detektion mittels elektrophoretischer Auftrennung und die Datenanalyse intensiv kennen. Außerdem erhalten Sie einen Überblick über spezielle Applikationen wie z.B. Gradienten-PCR, real time PCR und reverse Transkription. Darüber hinaus ist die Optimierung von PCR-Bedingungen, das Primerdesign und die Fehleranalyse ein wesentlicher Bestandteil des Kurses.
Auszug aus dem Kursprogramm
n diesem Kurs lernen Sie die theoretischen Grundlagen der PCR sowie die anschließende Detektion mittels elektrophoretischer Auftrennung intensiv kennen. Außerdem erhalten Sie einen Überblick über spezielle Applikationen wie z.B. Gradienten-PCR, Real Time PCR und reverse Transkription. Darüber hinaus sind die Optimierung von PCR-Bedingungen, die Nutzung von Additiven und die Anwendung verschiedener Polymerasen, das Primer-Design und die Fehleranalyse wesentliche Bestandteile des Kurses.
Im theoretischen Teil werden folgende Themen behandelt:
- Grundlagen der PCR
- Optimierung von PCR-Bedingungen, Temperatur-Zeit-Profil, Magnesium- und Primer-Konzentrationen
- Primer-Design mit Primer3
- Spezielle PCR Varianten (Touch Down-PCR, Hot Start-PCR, RT-PCR, qPCR, qRT-PCR)
- Trouble Shooting
Der Praxisteil umfasst:
- Durchführung einer PCR
- Analyse der PCR-Produkte mittels Gelelektrophorese
Zielgruppe
Technische und wissenschaftliche Mitarbeiter/-innen ohne PCR Vorkenntnisse, die in Zukunft diese Technik im eigenen Labor etablieren möchten.
Dozent
Dr. Johannes Becker-Follmann studierte Biologie und Philosophie in Saarbrücken und Freiburg. Er promovierte am Institut für Humangenetik und Anthropologie in Freiburg über “Vergleichende Genkartierungen bei Mensch und Maus“. Nach Forschungsaufenthalten in Osaka/Japan, Freiburg und Berlin gründete er im Jahr 2000 das Institut für Polymorphismus und Mutationsanalytik in Saarbrücken. Seit 2017 ist er Leiter des Forschungs- und Entwicklungslabors der Eluthia GmbH und entwickelt Tests für die post- und pränatale Diagnostik. Seit 2002 führt er Seminare und Workshops zu PCR-Themen durch.
Die Anwendung der PCR in modernen Laboren ist äußerst vielseitig und reicht von der „einfachen“ PCR über Multiplex-PCR-Methoden, long-PCR und Real Time PCR bis zu komplexen Genexpressionsstudien. Die richtige Planung der PCR sowie die Auswahl der geeigneten Zielsequenzen für die Primer entscheidet dabei oft über Erfolg und Misserfolg der PCR. Dieser Kurs gibt Ihnen eine Anleitung, wie Sie Ihre PCR optimal planen und durchführen.
- Einführung in Sequenzformate
- Datenbanken
- Zielsequenzen und Strategien für das Primer Design
- Primer-Design-Programme
- Planung der PCR und Real Time PCR
- Überprüfung der Primer-Spezifität: BLAST und BLAT Programme
- ClustalX, Bioedit, Primer3, MultiPLX2.0 und FASTPCR.
- Multiplex-PCR
Spezialfälle wie miRNA und die Verwendung von LNA-Primern
Im praktischen Teil arbeiten Sie mit BLAST, Genbank, dokumentieren mittels pDRAW32, alignieren die Sequenzen mit ClustalX und designen Primer mittels Primer3 oder FASTPCR. Gerne können Sie Ihre eigene Fragestellung mit einbringen und bearbeiten.
Zielgruppe
Technische und wissenschaftliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter mit Grundkenntnissen in der Molekularbiologie und PCR.
Dozent
Dr. Johannes Becker-Follmann studierte Biologie und Philosophie in Saarbrücken und Freiburg. Er promovierte am Institut für Humangenetik und Anthropologie über “Vergleichende Genkartierungen bei Mensch und Maus“. Nach Forschungsaufenthalten in Osaka/Japan, Freiburg und Berlin gründete er im Frühjahr 2000 das Institut für Polymorphismus und Mutationsanalytik in Saarbrücken, das sich hauptsächlich mit der Analyse von DNA verschiedener Spezies beschäftigt. Seit 2002 führt er Schwerpunktseminare und Workshops zu PCR-Themen durch.
Genexpressionsanalysen liefern Informationen über die Umsetzung der genetischen Information und darüber, wie sich Gene unter verschiedensten Bedingungen verhalten. Zelltypen und Gewebe exprimieren unter verschiedenen Versuchsbedingungen nur einen bestimmten Teil aller Gene in unterschiedlicher Intensität, während die übrigen Gene „abgeschaltet“ sind. Für quantitative Analysen dieser Genregulationen hat sich die reverse Transkription mit anschließender Real TimePCR bewährt.
In diesem Kurs erlernen Sie die Planung von Genexpressionsanalysen.
Auszug aus dem Kursprogramm
Im theoretischen Teil werden u.a. folgende Themen behandelt:
- Aufbau und Struktur von DNA, RNA und Genomen
- Exon-Intron-Struktur, Primer-Design für eine optimale Multiplex-Sonden-PCR
- Prinzip der Real Time PCR und unterschiedliche Detektionsformate
- Grundlagen der Real Time PCR: Ct-Werte, Threshold, Baseline
- Auswahl und Analyse der geeigneten endogenen Referenz
- Relative Quantifizierung mit Standard-Kurve und mittels deltaCT
- Trouble Shooting
Der Praxisteil umfasst:
- Präparation von total-RNA, mRNA und deren Quantifizierung
- Nachweis der RNA-Integrität TapeStation (Agilent), aber auch mittels PCR und Prüfung der Abwesenheit von gDNA (Alu-PCR)
- Methoden der cDNA-Synthese (Oligo-dT, random und Gen-spezifisches Priming)
- Bestimmung von Effizienz, Bestimmungswert und Auswahl geeigneter endogener Referenzen
- Relative Quantifizierung mit den Kursdaten
- Überprüfung auf MIQE-Konformität
Dauer der Fortbildung: 3-tägig
Ort: Bremen oder In-House (auf Anfrage)
Termine: 12. Dezember bis 14. Dezember
Preis: 990 Euro (zzgl. MWSt)
Zielgruppe
Technische und wissenschaftliche Mitarbeiter/-innen insbesondere aus medizinischen Laboratorien mit soliden Grundkenntnissen in der Molekularbiologie und Zellbiologie.
Dozent
Dr. Johannes Becker-Follmann studierte Biologie und Philosophie in Saarbrücken und Freiburg. Er promovierte am Institut für Humangenetik und Anthropologie über “Vergleichende Genkartierungen bei Mensch und Maus“. Nach Forschungsaufenthalten in Osaka/Japan, Freiburg und Berlin gründete er im Frühjahr 2000 das Institut für Polymorphismus und Mutationsanalytik Deutschland in Homburg/Saar, das sich hauptsächlich mit der Analyse von DNA verschiedener Spezies beschäftigt. Seit 2002 führt er Schwerpunktseminare und Workshops zu PCR-Themen durch.
Die Real Time PCR hat sich als Standard-Methode für den Nachweis und die Quantifizierung von DNA und RNA etabliert. Neben den theoretischen Grundlagen sind in diesem Kurs das Primer-Design und die Auswahl der richtigen Detektionssonden sowie die Quantifizierung und Auswertungsmöglichkeiten der Real Time PCR zentrale Themen. Sie erhalten weitergehende Informationen über unterschiedliche Detektionsformate und Geräteplattformen und diskutieren deren Vor- und Nachteile.
Auszug aus dem Kursprogramm
Im theoretischen Teil werden u.a. folgende Themen behandelt:
- Prinzip der Real Time PCR und unterschiedliche Detektionsformate (Eva-Green, Taqman-Sonden, Molecular Beacons etc.)
- Grundlagen der Real Time PCR: Ct-Werte, Threshold, Baseline, Schmelzkurve, High Resolution Melt
- Auswertung der Daten, Ableitung von Effizienz und deltaCT
- Auswahl und Analyse der geeigneten endogenen Referenz (GeNorm-, Bestkeeper-Analysen)
- Genotypisierung mittels HRM und Sonden-Systemen (FRET)
- Primer-Design und die Auswahl der Detektionssonden
- Qualifizierung der RNA und cDNA
- Trouble shooting
Der Praxisteil umfasst:
- Bestimmung der Standard-Abweichung in technischen Replikaten
- Nachweis und Quantifizierung von Legionellen mittels Standardkurve (LOD, LOQ)
- Präparation von RNA und Synthese von cDNA
- Relative Quantifizierung in einer Genexpressionsstudie am Beispiel der Kursdaten
- Verschiedene Auswertungsmethoden
Zielgruppe
Technische und wissenschaftliche Mitarbeiter/-innen mit Grundkenntnissen in der Molekularbiologie.
Dozent
Dr. Johannes Becker-Follmann studierte Biologie und Philosophie in Saarbrücken und Freiburg. Er promovierte am Institut für Humangenetik und Anthropologie über “Vergleichende Genkartierungen bei Mensch und Maus“. Nach Forschungsaufenthalten in Osaka/Japan, Freiburg und Berlin gründete er im Frühjahr 2000 das Institut für Polymorphismus und Mutationsanalytik Deutschland in Homburg/Saar, das sich hauptsächlich mit der Analyse von DNA verschiedener Spezies beschäftigt. Seit 2002 führt er Schwerpunktseminare und Workshops zu PCR-Themen durch.
Der Schwerpunkt des Kurses liegt auf der Gen-Diagnostik im medizinischen Bereich, aus der die PCR ein nicht mehr wegzudenkendes Hilfsmittel ist.
Auszug aus dem Kursprogramm:
Am Beispiel der Laktose-Intoleranz des Menschen erlernen Sie in diesem Kurs, wie man eine Gen-Diagnostik von der Gensequenz über die Analyse von SNPs (single nucleotide polymorphism) bis zur Methodenvalidierung aufbaut.
Im theoretischen Teil werden folgende Themen behandelt:
- PCR- und Real-Time PCR-Einführung
- Informations-Recherche zu Genen des Menschen, SNPs, Mutationen und Polymorphismen (OMIM, dbSNPs)
- PCR-Design, -Planung und -Dokumentation für die Gen-Diagnostik
- Primer-Design für die Genotypisierung
- Analyse der Primer: Oligoanalyzer, Primer-Check, In-Silico PCR und SNP-Check
- Möglichkeiten der Genotypisierung: Sequenzierung, qPCR (Sonden und HRM), PCR, PCR-RFLP u.a.
- Datenanalyse und Validierung
Der Praxisteil umfasst:
- DNA-Präparation aus Mundschleimhautabstrich
- PCR-Ansatz und qPCR-Ansatz
- Vorbereitung zur Sequenzierung
- Restriktionsanalyse und Gelelektrophorese (PCR-RFLP)
- Genotypisierung mittels Sonden und High Resolution Melt
- Auswertung und Interpretation der Daten
Zielgruppe
Technische und wissenschaftliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter insbesondere aus medizinischen Laboratorien mit soliden Grundkenntnissen in der Molekularbiologie und Zellbiologie.
Dozent
Dr. Johannes Becker-Follmann studierte Biologie und Philosophie in Saarbrücken und Freiburg. Er promovierte am Institut für Humangenetik und Anthropologie in Freiburg über “Vergleichende Genkartierungen bei Mensch und Maus“. Nach Forschungsaufenthalten in Osaka/Japan, Freiburg und Berlin gründete er im Jahr 2000 das Institut für Polymorphismus und Mutationsanalytik in Saarbrücken. Seit 2017 ist er Leiter des Forschungs- und Entwicklungslabors der Eluthia GmbH und entwickelt Tests für die post- und pränatale Diagnostik. Seit 2002 führt er Seminare und Workshops zu PCR-Themen durch.