Im Zeitalter der individuellen Genomprojekte und Mega-Sequenziercenter ist es wichtig zu wissen, was Sie selbst sequenzieren können, was Sie außer Haus geben müssen, was Routine ist und was mehr Sorgfalt erfordert , die Sie selbst kontrollieren möchten. Dieser Kurs stellt Ihnen die historische Entwicklung des DNA-Sequenzierens dar, erläutert die Möglichkeiten moderner HTS-Sequenziercenter, sowie der Next Generation Sequencer (NGS). Er bereitet Sie vor, eine eigene Sequenziereinheit aufzubauen bzw. anfallende Probleme mit schwierigen Sequenzierproben zu bewältigen. Die Inhalte konzentrieren sich auf die Sequenzierung von Plasmiden und PCR-Produkten. Sie bearbeiten den gesamten Prozess von der template-Präparation bis zur Auswertung der Sequenzen mit gängigen Softwarepaketen und Internet-Datenbanken.
Auszug aus dem Kursprogramm
In diesem Kurs lernen Sie die historische Entwicklung des DNA-Sequenzierens sowie die Möglichkeiten moderner HTS-Sequenziercenter und die Grundlagen des Next Generation Sequencing (NGS) kennen. Sie erfahren mehr darüber, wie eine eigene Sequenziereinheit aufzubauen ist bzw. anfallende Probleme mit schwierigen Sequenzierproben zu bewältigen sind. Die Inhalte konzentrieren sich auf die Sequenzierung von Plasmiden und PCR-Produkten. Sie bearbeiten den gesamten Prozess von der template-Präparation bis zur Auswertung der Sequenzen mit gängigen Softwarepaketen und Internet-Datenbanken.
Im theoretischen Teil werden u.a. folgende Themen behandelt:
- Grundlagen der PCR und DNA-Sequenzierung
- Geräte-Übersicht
- Präparation und Reinigung des Sequenziertemplates
- Tricks und Tipps zum Sequenzieren schwieriger templates
- Grundlagen des Next Generation Sequencings
- Auswertung der Rohdaten, Analyse einfacher Elektropherogramme und Sequenzen aus gemischten klinischen Proben (ripseq)
Der Praxisteil umfasst:
- Primer removal und Mengenbestimmung des templates
- Isolation von DNA-Fragmenten aus Agarosegel
- Sequenzierungsreaktion: PCR-Produkt und Fragment (BandPickTM-System)
- Bedienung eines Kapillar-Sequenzierers am Beispiel des CEQ 8000
- Auswertung mit den Programmen Chromas und ripseq
Zielgruppe
Technische und wissenschaftliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter mit Grundkenntnissen in der Molekularbiologie.
Dauer der Fortbildung: tägig
Ort: In-House
Termine: auf Anfrage
Dozent
Dr. Johannes Becker-Follmann studierte Biologie und Philosophie in Saarbrücken und Freiburg. Er promovierte am Institut für Humangenetik und Anthropologie über “Vergleichende Genkartierungen bei Mensch und Maus“. Nach Forschungsaufenthalten in Osaka/Japan, Freiburg und Berlin gründete er im Frühjahr 2000 das Institut für Polymorphismus und Mutationsanalytik Deutschland in Homburg/Saar, das sich hauptsächlich mit der Analyse von DNA verschiedener Spezies beschäftigt. Seit 2002 führt er Schwerpunktseminare und Workshops zu PCR-Themen durch.